Universitas Muhammadiyah Aceh (UNMUHA) diresmikan pada tanggal 11 Maret 1987. Universitas Muhammadiyah Aceh merupakan pengembangan dari Sekolah Tinggi Ilmu Hukum (STIH) Muhammadiyah Banda Aceh yang didirikan pada tahun 1969. Setahun setelah didirikan, tahun 1970, oleh dekan yang pertama A.Wahab Daud, S.H. telah diusulkan kepada Kopertis untuk mendapatkan status terdaftar. Kopertis pada saat itu masih berkedudukan di Jakarta. Seluruh PTS di wilayah Sumatera bagian Utara tunduk ke Kopertis Jakarta.

Setelah masa jabatan Dekan A.Wahab Daud, S.H. berakhir, maka Perguruan Tinggi ini dipimpin oleh Dekan Amaliah, S.H. Dalam periode ini status terdaftar juga terus diusahakan. Setelah kepemimpinan Amaliah, S.H. berakhir (1974-1976), Perguruan Tinggi ini selanjutnya dipimpin oleh Dekan T.Juned, S.H. (1976-1979).

Untuk memenuhi ketentuan pemerintah tentang Perguruan Tinggi Swasta, maka pada awal tahun 1976 nama Fakultas Hukum Ilmu Pengetahuan Kemasyarakatan diubah namanya menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Hukum (STIH) Muhammadiyah Aceh. Setelah periode Dekan T.Juned, S.H., berakhir, mulai 01 Agustus 1979 Dekan STIH dijabat oleh H.Zainal Abidin Abubakar, S.H.

Pada tahun 1981 dengan Keputusan Kopertis Wilayah I Medan, tangga 01 September 1981, Nomor : 023/PD/Kop.I/81, terhitung tahun ajaran 1981/1982 kepada STIH Muhammadiyah Banda Aceh diberikan izin operasional. Selanjutnya, dengan Rahmat Allah swt. dan bantuan Kopertis Wilayah I Medan, maka dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, tanggal 05 Januari 1983, Nomor : 005/0/1983 kepada STIH diberikan status terdaftar.

Berdasarkan Surat Keputusan PWM Aceh dibentuk Panitia Persiapan Pendirian Universitas Muhammadiyah. Berkat kerja keras panitia maka usulan yang diajukan ke Kopertis Wilayah I Medan mendapat tanggapan positif, yaitu keluarnya izin operasional Nomor   094/SK.PPS/Kop.I/1986, tanggal 24 Januari 1987.

Melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor  0230/0/1991 tanggal    29 April 1991, kepada Universitas Muhamadiyah Aceh diberikan pengakuan dengan 5 (lima) Fakultas, yaitu:

1. Fakultas Hukum (SK Menteri PK No:0251/O/1991, tanggal 14 Mei 1991) Perpanjangan izin SK Depdiknas No:1631/D/T/K-I/2009, tanggal 27 Maret 2009.
2. Fakultas Ekonomi (SK Menteri PK No:0260/O/1989, tanggal 28 April 1989) Perpanjangan izin SK Depdiknas No:1630/D/T/K-I/2009 (Akuntansi) dan No:1629/D/T/K-I/2009 (Manajemen), tanggal 27 Maret 2009.
3. Fakultas Teknik (SK Menteri PK No:0261/O/1989, tanggal 28 April 1989) Perpanjangan izin Sk Depdiknas No:1627/D/T/K-I/2009 (Sipil) dan No:1623/D/T/K-I/2009 (Arsitektur), tanggal 27 Maret 2009.
4. Fakultas MIPA (SK Mentri No:0262/D/T/1989, tanggal 28 April 1989)
5. Fakultas Tarbiyah di bawah Koordinator Kopertais Wilayah V (SK Menteri Agama No:59/1990, tanggal 24 Apil 1990) Perpanjangan Izin SK Direktur Jendral Pendidikan Islam No: Dj.I/494/2007, tanggal 17 Desember 2007.

Selanjutnya, universitas Muhammadiyah Aceh, untuk memenuhi berbagai kebutuhan masyarakat, telah dibuka Fakultas dan Akademi, yaitu :

1. Akademi Pariwisata (Program Studi Perhotelan) APMA, (SK Menteri PK No:137/D/O/1993, tanggal 23 November 1993). Perpanjangan Izin Depdiknas No:1362/D/T/K-I/2009, tanggal 06 Maret 2009)
2. Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM), (SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No:375/Dikti/Kep/1995, tanggal 21 Agustus 1995) – Perpanjangan izin SK Depdiknas No:1626/D/T/K-I/2009, tanggal 27 Maret 2009.
3. Akademi Fisioterapi (AKFIS), (SK PUSDIKNAKES No:HK.00.06.1.4.03205 tanggal 13 Oktober 2000)

Fakultas Psikologi (SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No:3495/D/T/2004, tanggal 30 Agustus 2004), Perpanjangan Izin Depdiknas No:777/D/T/2008, tanggal 13 Maret 2008).